2001 metų rugpūčio 25 d, per Linux 10-to gimtadienio šventimą, keliolikai Linux operacinės sistemos mylėtojų, kilo klausimas: kodėl kitose valstybėse atviro kodo programos įgauną vis didesnį politinį svorį, o gimtoje Lietuvoje - apie tai kalba ir domisi tik patyrę kompiuteristai? Buvo nesuprantama, kodėl organizacijos tik skundžiasi žiauriomis akcijomis prieš neteisėtos programinės įrangos naudotojus ir toliau bijodamos dirba piratinėmis jų kopijomis. Kilo daug panašių klausimų, kurių sprendimas atrodė natūralus - naudoti laisvas, atvirojo kodo programas, kurių licencijos yra nemokamos. AKL idėja ir pavadinimas -- Atviras kodas Lietuvai -- gimė Mantui Kriaučiūnui, Mindaugui Žakšauskui bei Andriui Kasparavičiui. Tada jie kalbėjo apie organizaciją, kuri skatintų atviro kodo programų naudojimą Lietuvoje, pasiūlytų ir palaikytų Linux naudojimą mokyklose ir t.t.
Ši idėja taip ir pasiliko iki 2002 m. sausio 16 d., kai Tomas Jonušas ir VĮ Infostruktūra iniciatyvinė grupė surengė 20-30 atviro kodo bendruomenės narių susitikimą su tikslu "sudaryti prielaidas atviro kodo programas plačiau naudoti valstybės institucijose". Per šį susitikimą buvo vėl pristatyta AKL kaip organizacijos idėja, buvo aptartos tokios organizacijos galimos veiklos sritys, kaip antai lietuviškos distribucijos kūrimas, atviro kodo naudojimo valstybinėse institucijose palaikymas ir panašiai. Buvo pristatytos tuo metu kuriamos atviro kodo iniciatyvos, pvz. lietuviškas vyriausybės užsakytas Freshmeat.net analogas LATIS. (Kur ta sistema dabar?..)
Kadangi į šį susitikimą atvyko daug labai skirtingų pažiūrų žmonių, visi klausimai keldavo aršias ir betiksles diskusijas. Todėl po šio susitikimo buvo suformuota maža darbo grupė, kurią sudarė Tomas Jonušas, Artūras Mickevičius, Albertas Agejevas, Mantas Kriaučiūnas, bei Eugenijus Paulauskas.
Ši grupė 2002 m. vasario 15 d. surengė pirmąjį AK pristatymą LR Seime. Dalyvavo keletas seimo narių, Seimo kanceliarijos IT specialistai, kitų valstybinių organizacijų atstovai.
Kovo 4 d. AKL padėjo surengti atviro kodo ideologo ir populiarintojo Eric S. Raymond paskaitą LR Seime.
Balandžio 24 d. įvyko dar vienas susitikimas Seime, kai iš IVPK prie LRS atstovų išgirdome: "Viskas, ką jūs čia kalbat, yra gerai. Tačiau tai tik kalbos. Imkite ir ką nors darykite!"
Pavasarį ir vasarą vis vykdavo nedideli susitikimai, kurių metu buvo formuojamos būsimos organizacijos forma, vizija ir misija.
Rugpjūčio 31 d. įvyko pirmasis AKL steigiamasis susirinkimas Rumšiškėse. Nors tai buvo puikus linksmas bendruomenės renginys, organizacijos po šio susitikimo užregistruoti nepavyko.
Rimtas darbas prasidėjo 2002 m. rugsėjo gale, kai pradėjome ruoštis sudalyvauti Infobalt parodoje. Darbo grupė kiek prasiplėtė. Sukūrėme organizacijos Interneto svetainę, Laisvų programų CD, paruošėme tris kompiuterius su Linux ir grafine sąsaja parodai, bei sudalyvavome parodoje. Parodoje sukėlėme nedidelį šurmuliuką, išdalinome virš tūkstančio LPCD. Laimėjome parodos organizatorių prizą nominacijoje "metų naujiena". Po parodos patys stebėjomės, kaip mūsų laisvai susibūrusi entuziastų grupė apsitrynė ir puikiai pasirodė. Tai buvo pirmas AKL projektas ir pirmoji kovinė pergalė.
Reikėtų aprašyti AKL logo sukūrimo istoriją ir nurodyti autorių (t.y. dailininką).
2003 vasario 23 d. buvo sukviestas steigiamasis susirinkimas, kuriame patvirtinome visuomeninės organizacijos įstatus, pasirinkome valdymo formą. Išrinkome prezidentą, 5 valdybos narius ir revizorių. Netrukus organizacija buvo oficialiai įregistruota.